2000年8月成立应用数学系，2014年7月撤系建院。学院现有数学与应用数学和信息与计算科学两个本科专业，均入选国家一流本科专业建设项目。数学与应用数学专业下设财经数学实验班与“数学+经济学”上海市双学士学位培养项目。与上海财经大学经济学院、公共经济与管理学院合作开展“经济学+数学”“投资学+数学”上海市双学士学位培养项目。
2020年，全国财经类高校第一批数学学科博士点成功获批增列，下设基础数学、应用数学与计算科学、概率论与数理金融、最优化与控制四个二级学科方向。2020年，应用统计专业学位硕士点(统计计算与数据建模方向)获学校批准增设。
学院目前建有计算数学实验室，拥有“数字经济统计与数学应用”校级实验室、计算科学与金融数据研究中心，紧扣前沿，针对金融海量数据进行建模与计算创新研究。2022年，学校依托数学学院成立上海财经大学数学学习中心，秉持STEM教育理念，助力学生成长，服务国家战略和地方经济社会发展。
建院以来，数学学院秉持夯实数学基础、做强应用数学、铸造财经数学品牌的发展宗旨，以培养具备数据建模与计算能力这一核心竞争力的高素质复合型人才为目标，为数智时代的中国培养融合数字财经的数学-统计人才。